Genom planého jahodníku zveřejněn

Globální tým výzkumníků z pěti kontinentů, včetně vědců z britského výzkumného ústavu East Malling Research (EMR) v Kentu, publikoval genom planého jahodníku – jahodníku obecného (Fragaria vesca).

Odborníci doufají, že tento výzkum publikovaný v prosinci 2010 v časopise Nature Genetics usnadní život pěstitelům tím, že umožní šlechtitelům jahodníku vyvinout odrůdy s resistencí vůči chorobám a zlepšenou kvalitou plodů.

Dr Dan Sargent z EMR spolupracoval na internacionálním projektu - součásti iniciativy rady Biotechnology & Biological Sciences Research Council, ustavené proto, aby financovala výzkum šlechtění rostlin v budoucnu.

Výzkumníci doufají, že tento genom pomůže identifikovat geny, které jsou resistentní vůči verticiliovému vadnutí (Verticillium dahliae) - nejběžnějšímu půdnímu patogenu pěstovaného jahodníku. Ačkoli resistentní odrůdy v současnosti existují, nesplňují kvalitativní kritéria vyžadovaná pro prodej konzumentům.

Přístup ke genomu planého jahodníku může umožnit šlechtitelům, aby vytvářeli odrůdy, které vyžadují méně ošetření pesticidy, ale udrží si nejlepší charakteristiky chuti, vzhledu a výživy.

Výzkumníci zjistili, že genom planého jahodníku má cca 35 000 genů – to je počet cca 1,5 krát vyšší než počet genů v genomu lidském – a že většinu těchto genů mají odrůdy, které pojídáme. Planý jahodník je také příbuzný dalším významným potravinářským plodinám včetně jabloní, broskví, hrušní a maliníku a růžím. Jeho sekvence genomu bude proto schopna pomáhat šlechtitelům i těchto plodin vytvářet nové odrůdy s podobně zlepšenými charakteristikami.

Internacionální tým vytvořil sekvenci genomu tak, že jej rozbil na miliony krátkých segmentů, které byly sekvencovány individuálně a pak znovu pospojovány. Britský tým z EMR pracoval na tomto spojování genomu v celek využitím mapy založené na genomech jiných druhů jahodníku, na kterých pracovali.

Sargent řekl: Historicky jsou genomy sekvencovány využitím kombinace delších a kratších sekvencí. Sestavování kratších sekvencí je rychlejší a levnější, ale podobně jako u puzzle je znovusestavení kompletního obrazu obtížnější s velkým množstvím malých kousků, než s menším počtem velkých kousků. Poprvé byl tento genom u rostliny zcela sekvencován použitím krátkých sekvencí.

Výzkumníci z EMR byli schopni asimilovat všechny z těchto malých kousků, protože předešlé genomy jahodníku, na kterých pracovali, byly jako obraz na krabici od puzzle, který jim sdělil, jak by měly chromosomy planého jahodníku vypadat.